Το Μουσείο της Ισθμίας βρίσκεται δίπλα στον εκτενή Αρχαιολογικό χώρο. Αποτελείται από δύο αίθουσες, στις οποίες εκτίθενται μεγάλης αξίας ευρήματα από τις αρχαιολογικές ανασκαφές στα Ίσθμια και τις Κεγχρεές, το δεύτερο λιμάνι – επίνειο της Αρχαίας Κορίνθου.
Ανάμεσα στα ευρήματα, ξεχωρίζουν μία ξύλινη θύρα από το Ναό της Ίσιδας στις Κεγχρεές, τους προδρόμους του ευρωπαϊκού βιτρώ, που απεικονίζουν πουλιά, ψάρια, φυτά και ανθρώπινες μορφές, όπως του Ομήρου και του Πλάτωνα, ένα μαρμάρινο περιρραντήριο του 7ου πΧ αιώνα από το Ναό του Ποσειδώνα, κορινθιακά κεραμίδια, στήλες Ισθμιονικών και εξαιρετική συλλογή από όπλα και περικεφαλαίες.
